В тихом пригороде, где даже ветер шепчет о покое, существует школа, внешне ничем не примечательная. Но за её обычными стенами скрывается секретная база организации «Теневой Цветок». Три ученицы — Аой, Хината и Рин — не просто старшеклассницы. Они — элитные ниндзя, прошедшие жесточайшую подготовку, чтобы днём зубрить алгебру, а ночью выполнять миссии государственной важности. Их цель — защита древнего артефакта, способного управлять стихиями, который враги клана «Чёрный Дракон» жаждут заполучить любой ценой. Каждая из девушек обладает уникальным даром: Аой управляет водой, Хината повелевает тенями, а Рин слышит мысли врагов на расстоянии. Их школьная жизнь — идеальное прикрытие, но когда на горизонте появляется загадочный учитель физкультуры с ледяным взглядом, а в городе начинают пропадать ученики, привычный баланс рушится. Девушкам предстоит выяснить, кто стоит за похищениями, и понять, что их собственный класс может скрывать предателя, готового продать секреты организации за личную выгоду.
Сюжет разворачивается вокруг трёх параллельных линий: напряжённых сражений с использованием ниндзюцу, где каждая битва — это танец стали и магии, школьных будней с контрольными и фестивалями, где нужно не раскрыть свою истинную сущность, и глубоких личных драм. Аой страдает от чувства вины за провал прошлой миссии, стоившей жизни её наставнику. Хината пытается примирить долг ниндзя с влюблённостью в обычного парня из соседнего класса, не подозревающего о её двойной жизни. Рин же борется с внутренним демоном — голосами, которые становятся всё громче и грозят свести её с ума. Когда «Чёрный Дракон» похищает директора школы, чтобы выведать местоположение артефакта, девушкам приходится объединиться, забыв о разногласиях. Финальная схватка происходит на крыше небоскрёба под проливным дождём, где Аой использует всю мощь водной стихии, чтобы спасти подруг, а Хината жертвует своей тенью, навсегда оставаясь в полусвете. Рин, наконец, учится контролировать свой дар, заставляя вражеского лидера услышать собственные страхи. В финале, когда артефакт вновь надёжно спрятан, девушки возвращаются в класс, чтобы сдать выпускные экзамены, но их взгляды уже устремлены в будущее, полное новых тайн и опасностей.
