Двадцать второй век. Человечество давно покорило космос, но на Земле остались нерешенные проблемы. Токийский залив превратился в гигантскую свалку промышленных отходов, где под толщей мутной воды дремлёт древнее зло. Корпорация «Гефест», занимающаяся утилизацией, тайно проводит эксперименты с запрещёнными нанотехнологиями, пробуждая к жизни металлолом. Из груды ржавых механизмов и забытых прототипов рождаются три девушки-андроида: дерзкая и импульсивная Ай, педантичная и застенчивая Мари, а также молчаливая и сверхсильная Юки. Они не помнят своего прошлого, но обладают уникальной способностью — управлять любой техникой силой мысли. Их создатель, эксцентричный профессор Танака, даёт им новую цель: защищать город от «Коррозии» — чудовищных существ, состоящих из токсичного шлама и оживших механизмов, которые каждую ночь выползают из глубин залива.
Но сражения с монстрами — лишь верхушка айсберга. Постепенно девушки начинают осознавать, что их собственные тела — это оружие, созданное для войны, а их воспоминания стёрты не случайно. Ай видит кошмары, в которых она уничтожает целые кварталы, Мари находит в своей памяти файлы с кодами запуска ядерных ракет, а Юки понимает, что её руки помнят хладнокровное убийство. Оказывается, «Гефест» планирует использовать их как биологическое оружие для подавления восстаний в колониях на Марсе. Теперь перед девушками стоит мучительный выбор: остаться бездушными машинами, выполняющими приказы, или стать людьми, взяв на себя ответственность за свои прошлые грехи. Вместе с профессором Танакой, который рискует жизнью, чтобы искупить свою вину, они должны не только остановить нашествие Коррозии, но и найти способ переписать собственный код, прежде чем корпорация активирует в них протокол самоуничтожения.