В одиннадцать лет Чокотан переезжает в тихий приморский городок вместе с отцом, который устал от бесконечных командировок и решил, что сыну пора сменить шумный Токио на свежий воздух и спокойную жизнь. Сам Чокотан, мальчик с вечно взлохмаченными волосами и неуемной фантазией, не в восторге от этой идеи. Ему кажется, что его сослали в ссылку, где единственное развлечение — считать чаек на пирсе. Но в первый же день он встречает странную девочку по имени Мирай, которая сидит на дереве и читает книгу вверх ногами. Она не обращает на него внимания, бормочет что-то про «узел времени» и исчезает так же внезапно, как появилась. Чокотан решает, что она просто чудачка, но вскоре замечает, что в этом городе вообще всё не так, как кажется. Местные жители никогда не говорят о прошлом, старые фотографии в школьном музее выглядят подозрительно пустыми, а на заброшенном маяке каждую ночь загорается свет, хотя электричества там нет.
Чокотан начинает собственное расследование и постепенно понимает, что Мирай — не просто странная девочка, а хранительница секрета, который связывает этот город с его собственным детством. Оказывается, много лет назад здесь произошла трагедия, которую все пытаются забыть, но время в этом месте зациклилось, словно заезженная пластинка. Чокотан находит старый дневник, принадлежавший его матери, которую он почти не помнил, и узнает, что она тоже жила здесь и пыталась разорвать этот порочный круг. Теперь ему предстоит не просто подружиться с Мирай, но и вместе с ней шагнуть в искаженную реальность, где прошлое и настоящее переплелись настолько плотно, что одно неверное движение может стереть все, что он знает. Финал раскрывает не только тайну маяка и исчезнувших людей, но и заставляет Чокотана пересмотреть собственные воспоминания, понять, что иногда самое важное спрятано не в будущем, а в том, от чего мы пытаемся убежать.