Исчезновение Юки Нагато

После культурного фестиваля в старшей школе Китагава Юки Нагато, обычно молчаливая и замкнутая членка Бригады SOS, внезапно меняется. Она становится открытой, эмоциональной и даже робко влюбленной в своего одноклассника Кёна. Этот новый, «человечный» Юки — полная противоположность прежней безэмоциональной инопланетянке. Мир вокруг тоже изменился: исчезли таинственные существа, а сама Бригада SOS превратилась в обычный литературный кружок, где Харухи Судзумия — просто энергичная, но рядовая ученица.

Кён, сбитый с толку этими переменами, пытается понять, что произошло. Ему предстоит разобраться в своих чувствах к новой Нагато, которая искренне тянется к нему, в то время как воспоминания о прежнем, холодном гении не дают ему покоя. В этом тихом и лишенном сверхъестественных событий мире ему придется сделать непростой выбор, определяющий не только его будущее, но и судьбу самой Юки Нагато, стоящей перед лицом неведомой угрозы.