Второй сезон «Хаматоры» начинается с того, что привычный мир детективов из Йокогамы дает трещину. После событий первого сезона Ник и Дзюн, обладатели сверхспособностей Минимума, пытаются вести обычную жизнь, но спокойствие длится недолго. В городе появляются загадочные убийства, жертвами которых становятся люди со сверхспособностями. Убийца, известный как «Жнец», оставляет после себя лишь выжженные глаза и полное отсутствие каких-либо следов Минимума. Параллельно в сюжет врывается таинственная организация «Фри», которая охотится на обладателей дара, считая их угрозой для человечества. Их лидер, харизматичный и жестокий Арт, использует технологии, способные подавлять и даже красть способности. Ник и Дзюн оказываются меж двух огней: с одной стороны — маньяк, уничтожающий их собратьев, с другой — корпорация, готовая стереть всех «особенных» с лица земли. К ним присоединяются старые друзья — владелица кафе «Нова» Рэйко, полицейский Кадзуки и загадочный снайпер Кодзи, чье прошлое оказывается напрямую связано с «Фри». Расследование заводит героев в подземные лаборатории и на крыши небоскребов, где каждый бой становится вопросом жизни и смерти. Дзюн, чья способность усиливать других, сталкивается с моральной дилеммой: можно ли использовать дар для убийства, даже если враг безжалостен? Ник, в свою очередь, вынужден вспомнить свои навыки полицейского, чтобы не просто драться, а мыслить стратегически. Отношения между напарниками накаляются до предела, когда выясняется, что один из их близких может быть шпионом «Фри».
Кульминация сезона разворачивается, когда «Фри» похищает Рэйко, используя ее как приманку. Ник и Дзюн врываются в штаб-квартиру организации, где сталкиваются с Артом, который раскрывает шокирующую правду: Минимум — это не благословение, а вирус, созданный в ходе секретного эксперимента, и «Фри» пытается найти лекарство, уничтожая носителей. Дзюн, чья способность постепенно выходит из-под контроля, начинает терять человеческий облик, превращаясь в неконтролируемого монстра. Нику приходится сделать невозможный выбор: убить друга, чтобы спасти город, или найти третий путь. В финальной битве на заброшенной верфи, под проливным дождем, герои объединяются с бывшими врагами из «Фри», чтобы остановить обезумевшего Дзюна. Кодзи жертвует собой, чтобы дать Нику шанс, а Рэйко использует свой Минимум — способность видеть будущее на несколько секунд — чтобы предсказать удар. В последний момент Ник не убивает Дзюна, а использует свою силу ускорения, чтобы выжечь вирус из его тела, оставив друга без способностей, но живым. Сезон заканчивается на горькой ноте: «Фри» распущена, но мир изменился. Ник и Дзюн, теперь обычные люди, сидят на крыше «Новы», глядя на закат. Они потеряли дар, но обрели друг друга. Однако в последней сцене камера показывает лабораторию, где в пробирке светится образец Минимума, а чей-то голос шепчет: «Эксперимент не закончен». Йокогама снова в опасности, но теперь герои знают: их сила была не в способностях, а в доверии друг к другу.
