Мир, переживший вторжение Небесных Зверей, так и не стал прежним. После событий первой части прошло пять лет. Останки чудовищ, пропитанные эфиром, превратили цветущие земли в радиоактивные пустоши, а города — в руины, где бродят искажённые твари. Человечество отступило в несколько укреплённых анклавов, но даже там воздух отравлен страхом. Главный герой, бывший пилот меха Рен, теперь работает чистильщиком — он уничтожает очаги эфирного заражения, используя старый, модифицированный экзоскелет. Он не герой, он просто пытается выжить и заработать на лекарства для сестры, которая медленно угасает от лучевой болезни. Однажды, во время зачистки очередного сектора, Рен находит нечто необычное — кристалл, пульсирующий чистым, а не искажённым светом. Этот артефакт не просто очищает эфир, он буквально высасывает заразу из земли, возвращая ей жизнь.
Рен быстро понимает, что его находка — ключ к спасению, но она же привлекает внимание могущественных сил. Корпорация «Горизонт», которая контролирует поставки антидотов и ремонт мехов, объявляет на него охоту, желая заполучить технологию для создания сверхоружия. Параллельно пробуждается древний культ, поклоняющийся Небесным Зверям как богам очищения. Они считают, что человечество должно исчезнуть, чтобы мир начал заново. Рену приходится бежать, объединяясь с такими же изгоями: пилотом-дезертиром с засекреченной базой данных и девушкой-учёным, которая понимает истинную природу кристалла. Вместе они выясняют шокирующую правду: Небесные Звери не были случайной катастрофой. Их запустила древняя цивилизация как механизм сброса, когда уровень эфирного загрязнения от человеческой деятельности превышал критическую отметку. Теперь, чтобы остановить полное уничтожение, Рену нужно не просто очистить мир, а взломать систему управления самими Небесами, пожертвовав последним шансом на спокойную жизнь.
